PROGENY
Az atlantiszi sz�m�t�g�pes adatb�zist b�ng�szve Dr. Rodney McKay (David Helwett) r�bukkan egy �s k�s�rleti telep kapuc�m�re. A felder�t� csapat a bolyg�n egy hatalmas, �s�k lakta metropoliszt fedez fel, amelynek lak�ival Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) min�l el�bb sz�vets�get szeretne k�tni a lid�rcek ellen, azonban megd�bben�s�re aj�nlat�t Oberoth (David Ogden Tiers), a bolyg� vezet�je visszautas�tja.

Mivel nem tudnak hatni Oberoth embers�g�re, a f�ldi csapat visszaindulna Atlantiszra, azonban a helyi katon�k elfogj�k, �s a b�rt�nben elmevizsg�latnak vetik al� �ket, amelynek k�vetkezt�ben Weir�k r�j�nnek, hogy Oberoth �s t�rsai nem �s�k, hanem ember form�j� Replik�torok.

Az �s�k a lid�rcek ellen fejlesztett�k ki a Replik�torokat, akik azonban lassan kivont�k magukat az ir�ny�t�suk al�l, �gy az �s�k megpr�b�lt�k megsemmis�teni �ket, de nem j�rtak sikerrel. A Replik�torok ezut�n k�t csoportra v�ltak: azokra, akik tov�bbra is szeretn�k ut�nozni alkot�ikat, hogy el�rhess�k a Felemelked�st, �s azokra, akik bossz�b�l el akarj�k puszt�tani Atlantiszt az �s�k �rul�sa miatt.


THE REAL WORLD
Egy Washington D.C. melletti pszichi�triai klinik�n fel�bredve Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) megd�bbenve tudja meg, hogy az elm�lt k�t �v esem�nyei (k�zt�k az Atlantisz-exped�ci�) meg sem t�rt�ntek. A pszichi�tere, Dr. Fletcher (Alan Ruck) mondja meg a doktorn�nek, hogy egy aut�balesetben meghalt a v�leg�nye, �s � maga katat�ni�ba zuhant.

Dr. Weirt a k�rh�zban megl�togatja az anyja, �s Jack O`Neill t�bornok (Richard Dean Anderson), aki biztos�tja �t arr�l, hogy sosem hallott semmif�le Csillagkapu Programr�l, Atlantiszr�l pedig pl�ne nem. Azonban mik�zben Weir megpr�b�l beilleszkedni ebbe az �j val�s�gba, nyugatalan�t� l�tom�sok gy�trik, amelyek arra sarkallj�k, hogy vissza kell t�rnie Atlantiszra.

A val�s�gban az Atlantisz-exped�ci� minden erej�vel azon van, hogy visszahozza a doktorn�t a k�m�b�l, amelyet a test�t megfert�z� Replik�tor nanitok okoztak, �s elkezdt�k �tvenni az ir�ny�t�st az ir�ny�t�st az elm�je, �s a teste felett. Azonban m�g Dr. Carson Beckett (Paul McGillion) orvosi tud�sa, �s John Sheppard alezredes (Joe Flanigan) �rzelmi t�mogat�sa sem bizonyul ehhez el�gnek, �gy Weirnek egyed�l kell megtal�lnia a visszautat a val�s�gba.