PROGENY
Az atlantiszi számítógépes adatbázist böngészve Dr. Rodney McKay (David Helwett) rábukkan egy Ős kísérleti telep kapucímére. A felderítő csapat a bolygón egy hatalmas, Ősök lakta metropoliszt fedez fel, amelynek lakóival Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) minél előbb szövetséget szeretne kötni a lidércek ellen, azonban megdöbbenésére ajánlatát Oberoth (David Ogden Tiers), a bolygó vezetője visszautasítja.

Mivel nem tudnak hatni Oberoth emberségére, a földi csapat visszaindulna Atlantiszra, azonban a helyi katonák elfogják, és a börtönben elmevizsgálatnak vetik alá őket, amelynek következtében Weirék rájönnek, hogy Oberoth és társai nem Ősök, hanem ember formájú Replikátorok.

Az Ősök a lidércek ellen fejlesztették ki a Replikátorokat, akik azonban lassan kivonták magukat az irányításuk alól, így az Ősök megpróbálták megsemmisíteni őket, de nem jártak sikerrel. A Replikátorok ezután két csoportra váltak: azokra, akik továbbra is szeretnék utánozni alkotóikat, hogy elérhessék a Felemelkedést, és azokra, akik bosszúból el akarják pusztítani Atlantiszt az Ősök árulása miatt.


THE REAL WORLD
Egy Washington D.C. melletti pszichiátriai klinikán felébredve Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) megdöbbenve tudja meg, hogy az elmúlt két év eseményei (köztük az Atlantisz-expedíció) meg sem történtek. A pszichiátere, Dr. Fletcher (Alan Ruck) mondja meg a doktornőnek, hogy egy autóbalesetben meghalt a vőlegénye, és ő maga katatóniába zuhant.

Dr. Weirt a kórházban meglátogatja az anyja, és Jack O`Neill tábornok (Richard Dean Anderson), aki biztosítja őt arról, hogy sosem hallott semmiféle Csillagkapu Programról, Atlantiszról pedig pláne nem. Azonban miközben Weir megpróbál beilleszkedni ebbe az új valóságba, nyugatalanító látomások gyötrik, amelyek arra sarkallják, hogy vissza kell térnie Atlantiszra.

A valóságban az Atlantisz-expedíció minden erejével azon van, hogy visszahozza a doktornőt a kómából, amelyet a testét megfertőző Replikátor nanitok okoztak, és elkezdték átvenni az irányítást az irányítást az elméje, és a teste felett. Azonban még Dr. Carson Beckett (Paul McGillion) orvosi tudása, és John Sheppard alezredes (Joe Flanigan) érzelmi támogatása sem bizonyul ehhez elégnek, így Weirnek egyedül kell megtalálnia a visszautat a valóságba.